Por consiguiente, los merengues disputaron su segunda final en tres años después de eliminar al Bayern de Múnich. Luego de un sobresaliente desempeño en las dos fases de grupos (sólo 2 empates y una derrota) y tras eliminar a Bayern de Múnich, nuevamente, y FC Barcelona; el cuadro blanco llegó a su tercera final en cinco años. Con su gol en semifinales de la Copa de Alemania ante el Bayern de Múnich en el estadio Allianz Arena consiguió junto a su equipo la clasificación para la final de dicha competición. En vísperas de las celebraciones del centenario del club madridista, las expectativas creadas hacia el conjunto fueron grandes, siendo candidatos obligados a la consecución de la Liga y la Copa Europea. Antes de la lesión estaba teniendo un papel notable, con 3 goles y siendo el líder del conjunto nacional. Tras su vuelta a camiseta barça 2022 la actividad Raúl no alcanzó a repetir sus números de anteriores torneos y concluyó su participación en la Liga 1997-98 con solo 10 goles. Tras 16 temporadas en el Real Madrid, Raúl debutó en el Schalke 04 el 31 de julio de 2010 un partido contra el Hamburgo en el torneo amistoso cuadrangular «LIGA total!
El 17 de enero disputó su partido 200 en primera división en la victoria 2:1 sobre el Mallorca, encuentro donde también marcó un gol. En enero de 2000 disputó el primera edición de la Copa Mundial de Clubes de la FIFA, donde tras vencer al Al-Nasr y Raja Casablanca y empatar con el Corinthians, el club español jugó por el tercer puesto ante elNecaxa. Aunque la más sorpresiva fue su eliminación de la Copa del Rey ante el Toledo de la Segunda División B, en cuyo encuentro González no disputó ningún minuto, por idéntico marcador. En el partido de ida de los cuartos de final, disputado frente al Inter de Milán en el Estadio Giuseppe Meazza contribuye a la victoria de su equipo 2-5, marcador que deja muy encarrilada la eliminatoria. No obstante la actuación del atacante español fue superior en la competencia continental, tras sortear las dos fases de grupos, Real Madrid se enfrentó en cuartos de final al Manchester United.
Los dirigidos por Del Bosque conquistaron la Intercontinental después de vencerlos 2:0 con goles de Ronaldo y Guti; González cumplió con una buena actuación. Raúl otorgó la primera copa de la temporada a los madridistas con una memorable actuación al marcar los tres goles, opacando la presentación del mediapunta francés Zinedine Zidane, la nueva contratación estelar para el torneo. El duelo se decidió en las últimas jornadas, tras lograr importantes victorias ante Atlético de Madrid y Athletic Club, el club de la capital se consagró campeón de liga por vigesimonovena vez, la cuarta para Raúl. Después de un inicio incierto en la liga con victorias en casa y empates y derrotas en terreno ajeno, Madrid se asomó a los primeros puestos de la Liga hasta mediados de la competición. El 28 de noviembre perdió su segunda competición del año cuando Madrid fue derrotado 2:1 por Boca Juniors en la Copa Intercontinental. Por ese entonces atravesaba el mejor momento de su carrera, la revista France Football lo colocó como el segundo mejor jugador del año en Europa, por detrás del inglés Michael Owen, camiseta del barcelona 2019 quien le fue otorgado el Balón de Oro.
Aquella temporada, Raúl registró su mejor año hasta aquel momento pese a la irregularidad que el equipo madridista mostró durante todo el campeonato. El Real Madrid continuó su paso irregular en la liga y acabó en quinto lugar, con un Raúl que consiguió uno de sus peores registros desde que debutara como profesional, 17 goles en 34 partidos. La dialéctica del choque conservó inalterables sus argumentos hasta que la expulsión de Orellana reventó todos los esquemas. Sin perder de vista, eso sí, el régimen sancionador que establece el Convenio Colectivo para la Actividad del Fútbol Profesional. A raíz de la temporada 2003-04 Raúl inicia un bajón en su rendimiento (especialmente goleador) que se prolongaría durante tres temporadas y que coincidiría con esos mismos años en blanco del Real Madrid. Raúl en el ataque durante las próximas temporadas. Según pasen las horas habrá más nubes que claros con probabilidad de lloviznas generalizadas e intermitentes.